Новая версия системы QUIK имеет возможность электронной подписи транзакций клиентов с применением сертифицированных ФАПСИ средств криптографии. С начала 2000 года система QUIK поддерживала только один тип сертифицированной системы криптографической защиты информации (СКЗИ) - "Верба-OW". В настоящее время QUIK предоставляет брокеру выбор сертифицированных ФАПСИ программных средств для осуществления электронной подписи. Использование ЭЦП в системе QUIK позволяет применять ЭЦП избирательно, для определенной категории клиентов, а также поддерживать одновременно несколько типов электронной подписи. Данная возможность представляет интерес при постепенном внедрении технологии электронной подписи, а также при переходе с одной системы СКЗИ на другую. Поддержка КриптоПро CSP является штатной функцией системы QUIK и распространяется в составе ПО рабочего места пользователя бесплатно.